โครงสร้างองค์กรสำนักงานยุติธรรมจังหวัดขอนแก่นประกอบด้วยกลุ่มงานต่าง ๆ ดังนี้

        1. ฝ่ายอำนวยการ
            - งานฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการบริหารสำนักงานยุติธรรมจังหวัดขอนแก่น
            - งานเลขานุการของยุติธรรมจังหวัดขอนแก่น
            - งานธุรการทั่วไป งานบริหารบุคคล งานการเงิน งานงบประมาณ งานพัสดุ อาคารและ สถานที่
            - งานประชาสัมพันธ์ และงานศูนย์บริการประชาชน
            - ประสานงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสังกัดกระทรวงยุติธรรมที่ไม่มีหน่วยงานในจังหวัด
            - งานกรมการจังหวัดในฐานะผู้แทนกระทรวงยุติธรรม และสนับสนุนการตรวจราชการของผู้ตรวจราชการกระทรวงยุติธรรม 
            - งานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย

        2. กลุ่มอำนวยความยุติธรรมและนิติการ
            - งานประสานและให้ความช่วยเหลือด้านกฎหมายและกระบวนการยุติธรรมแก่ประชาชน 
            - งานคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพของประชาชน (กองทุนยุติธรรม งานช่วยเหลือทางการเงินแก่ผู้เสียหายและจำเลยในคดีอาญา
              งานร้องเรียนร้อง ทุกข์ของประชาชน เป็นต้น)
            - งานไกล่เกลี่ยประนอมข้อพิพาท  
            - งานเสริมสร้างความเป็นธรรมและอำนวยความยุติธรรมตามที่ได้รับมอบหมายจากส่วนราชการสังกัดกระทรวงยุติธรรมที่
              ไม่มีหน่วยงานในจังหวัด
            - งานนิติการที่อยู่ในอำนาจหน้าที่ของสำนักงานยุติธรรมจังหวัดขอนแก่น
            - งานนโยบายตามรัฐบาล และกระทรวงยุติธรรม เช่น การแก้ไขปัญหาหนี้นอกระบบ ที่ดินทำกิน ทรัพยากรธรรมชาติ
              และสิ่งแวดล้อม เป็นต้น
            - งานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย

        3. กลุ่มพัฒนาและส่งเสริมระบบงานยุติธรรม
            - งานพัฒนาและส่งเสริมระบบงานยุติธรรมในจังหวัดและกระบวนการยุติธรรมทางเลือกรวมทั้งอาสาสมัครยุติธรรม 
            - งานจัดทำและบริหารแผนปฏิบัติราชการของกระทรวงยุติธรรมในระดับจังหวัด ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตาม
               แผนปฏิบัติราชการกระทรวงยุติธรรมระดับจังหวัด 
            - งานประสานความร่วมมือกับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
            - งานจัดทำและพัฒนาระบบฐานข้อมูลเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อการบริหาร และการวางแผนของสำนักงานยุติธรรมจังหวัด 
              การจัดการความรู้ภายในหน่วยงาน การจัดทำแผนและโครงการพัฒนาบุคลากรของหน่วยงานสังกัดกระทรวงยุติธรรมในจังหวัด 
            - งานฝ่ายเลขานุการคณะอนุกรรมการประสานกระบวนการยุติธรรมระดับจังหวัด
            - งานตามนโยบายรัฐบาล เช่น การเสริมสร้างความปรองดองและสมานฉันท์ เป็นต้น
            - งานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย